Baaqline fait face à des problèmes graves en matière de protection de son environnement, dus à l’absence de systèmes d’évacuation et de traitement des eaux usées et d’un réseau d’égout municipal. Les eaux usées se déchargent, dans la plupart des cas, dans des fosses perméables, ce qui implique des infiltrations d’eaux usées dans le milieu souterrain.